内容简介
本部作品包含了小智在关都地区、橘子群岛、城都地区的旅行。和小智一同旅行的有自行车被皮卡丘弄坏的小霞，以及原本是深灰市的道馆馆主、立志成为宝可梦培育家的小刚。在橘子群岛旅行期间，小刚留在了内木博士的研究所，作为宝可梦观察家的小建加入了小智一行。
石英联盟
新手训练家小智在关都地区展开了他的旅程。他离开家乡真新镇，只带着从大木博士处获得的讨厌待在精灵球里又不愿与人亲近的皮卡丘。在赢得皮卡丘的信任后，小智以宝可梦大师为目标踏上了冒险之旅。挑战道馆馆主获得八枚徽章，与所到之处的宝可梦们邂逅，并在宝可梦联盟参赛。除此之外，还有两位好朋友加入小智的队伍——小刚和小霞。
石英联盟石英大会小智进入16强，收服精灵：皮卡丘、绿毛虫进化铁甲蛹进化巴大蝴（繁殖后代去了）、比比鸟进化比雕（保护同伴了）、妙蛙种子、杰尼龟（回消防队了）、小火龙进化火恐龙进化喷火龙（喷火龙山谷里训练）、大钳蟹进化巨钳蝎、火爆猴（训练当K1冠军去了）、肯泰罗30只、臭臭泥
橘子群岛
参加过石英大会之后，为了从内木博士处取得GS球，小智代替大木博士启程前往橘子群岛。在前往橘子群岛的途中，小智听到了有关南十字星的组织和橘子联盟大赛的事，并决定挑战橘子联盟。中途，小刚留在了内木博士的研究所，而小智和小霞又遇见了新的伙伴——宝可梦观察家小建，三人继续结伴旅行。经过不断的努力，小智成功挑战了橘子联盟，并获得了橘子联盟名誉训练家的称号。
橘子联盟小智获得冠军，收服精灵：乘龙（回到母亲身边了）、卡比兽
城都联盟
回到真新镇后，小智与一直以来视为劲敌的小茂交锋，一番苦战后小智战败。为了变得更强，小智决定要挑战城都联盟。同时，大木博士不知道如何把GS球打开，于是就派小智把GS球交给城都地区的钢铁。小智一行又踏上新的旅程，向城都地区出发。
成都联盟白银大会小智进入8强，收服精灵：菊草叶进化月桂叶、火球鼠、小锯鳄、赫拉克罗斯、猫头夜鹰（闪光）、由基拉（回母亲身边了）
